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Frías aparece citada por primera vez en la segunda mitad del siglo IX. Sería uno de tantos pueblos surgidos en los primeros momentos de la ocupación del Alto Ebro. De aquellos años nos quedan los sepulcros rupestres de los alrededores de la parroquia de San Vicente, entonces cementerio. El nombre del pueblo procede de “Aguas Fridas”, después reducido a la segunda parte de esta denominación.
Traspasado el año 1000 aparece por estas tierras el rey navarro Sancho III el Mayor, cuya base de actuación será Oña. Como consecuencia de la división del reino, esta parcela burgalesa quedará dentro de Navarra. Las luchas con Castilla obligarán a levantar castillos enriscados en los más importantes pasos: Santa Gadea del Cid(Término), se pone a punto Pancorbo y se levantan ex profeso los de Tedeja(en la Horadada, cerca de Trespaderne) y Petralata(en lo alto del Portillo de Busto). Frías pudo servir de defensa complementaria. Con la derrota de Atapuerca(año 1054) nuestro pueblo revierte al condado de Castilla que, desde ahora, tendrá la consideración de reino.